搜搜考试网如何使用软件求一段引物的Tm值
来源：学生作业帮助网 编辑：作业帮 时间：2024/08/13 20:46:32
博凌科为-为你先看一下Tm的定义：Tm=Temperatureatwhich50%ofagivenoligonucleotideishybridizedtoitscomplementarystrand
就是加酶切位点了呗一般长了是升高了不过不用管酶切位点的再问：也就是说，我的xxxxxNNNNN的Tm值和NNNNN一样了么？再答：计算出来的值肯定不一样不过你做的时候还是按照原来的退火温度就行了P不出
Tm(解链温度)是指50%双链被解开成单链时的温度.寡核苷酸浓度和盐浓度会影响Tm值的大小.Tm 值 有 多 种
那就扩增不出来了呗~再问：不大可能扩不出来，最多是扩的乱七八糟，因为一种引物“失效”，那它起码也是“不对称PCR”啊。请问允许的最大差异是多大？再答：你用primerpremier设计引物不就得了
这个百度看一下吧
负责引物合成的公司会给你引物的详细信息,其中有理论Tm值,应该是和这个公式Tm=2*（A+T）+4*(G+C)计算的一样,你在进行调整优化即可.
那是一对引物,通常所说的正向,反向.他们的碱基不一样,当然Tm值也就不一样了.所以设计引物时尽量设计一术的Tm值,有利于选择最佳的退火温度.
退火温度与引物的TM值的关系主要和DNA聚合酶与其buffer有关.有些退火温度要比TM低5度、3度,有些还会高3度,有些是一模一样的.主要参考不同公司所生产的DNA聚合酶的说明书.
退火温度
4(G+C)+2(A+T)是对Tm的一个近似估算值,里面的ACGT是指相应碱基的个数.所以只知道GC含量40%是不能估算的.可以考虑一下,一条18bp的引物和一条24bp的引物,GC含量一样的话,后者
把其中的一个引物的长度增加,让两个引物的Tm值接近一些好了.再问：那么二聚体和发卡结构的影响大么？再答：发卡结构我一般不考虑。二聚体的话，如果两个引物之间互补的序列不是很多的话，影响也不大。
你设计出来以后,BLAST一下,扩增是特异的,接着就像一般的real-timepcr一样做的行了,不需要上游引物高一点.引物的Tm值要求和你用的哪个公司的酶和你用的哪个仪器有关.
最好之在理论值附近进行温度梯度实验,理论值用上述两种方法均可获得
首先要知道这段基因的序列,然后可以用软件来设计,如Primer我就知道这个,看到别人用,很好推荐
把这段基因输入设计软件里,调节引物位置,使变性温度在94度,退火温度=Tm-（5到10度）延伸温度72度左右,满足这些条件基本就可以了,当然还要根据实际情况多次实验得到最佳引物.如果你要扩增整个的基因
Tm指的是把DNA的双螺旋结构降解一半时的温度.我们PCR时候,当然不能用Tm值来作为退火的温度.一般来说,退火温度比Tm值要低上5度左右.但是这个也不是绝对的.建议你如果说模板比较充足的话,做一个梯
确实,不同的软件设计的引物不一样.这与引物设计的参数设定有关.一般40到60%的GC含量,保证两引物间连续配对不超过6对,引物自身不形成loop就可以了.如果钱多任务急,可以考虑用多个软件给出的设计结
网上免费：Primer3.Google搜一下就有了,很好用的
没留邮箱求个啥.再问：昨天提问时输入邮箱时提交不了问题，请问你有这些软件吗？再答：有啊。。。。再问：可不可以给我发一份啊，要设计引物，万分感谢啊再答：发了。。。
我用primer5设计出来的Tm值从来都是直接当退火温度用.用引物primer-blast的话我都是直接贴序列上去.有其他菌的匹配很正常,有些进化亲缘性很近的,只要在同一物种中没有匹配上的问题应该不大