搜搜考试网测序后如何分析基因突变?
来源：学生作业帮 编辑：搜搜考试网作业帮 分类：综合作业 时间：2024/07/20 06:01:44
测序后如何分析基因突变?
1.假设你测的是一个基因的序列,如果已知这个基因的序列,则将你测序得到的基因序列与已知的序列相比对,分析看两者在哪个地方不对应,不对应的地方即为突变的地方.比对的软件有sequencher,或者去NCBI网站点击BLAST进行.
2.如果你测的是一个以前未知的序列,那么要测几个不同的单克隆,将测得的结果进行比对,分析一致的地方以及不一致的地方.
再问： 您好！我做的是幽门螺杆菌，如我测的是cagA，在NCBI上找的基因序列，请公司设计了引物，跑了PCR，电泳也出现了目的条带，纯化PCR产物送公司测序，得到扩增后的片段，是和NCBI上我找的那个基因序列做对比？还是和标准菌株的做对比？我的实验思路是对的吗？谢谢！
再答： 实验思路正确。两种比对都可以。 先和NCBI上的比对（因为毕竟是权威），如果有出入，那么多扩增几次（至少三次），再去测序，然后比对，如果这三次结果都是同样的出入，那么可能是因为你扩增用的菌和NCBI上用的菌不一样，这时应该和标准菌株比。
再问： 不好意思！再问一下，怎么使用Blast比对？怎么看结果？谢谢！
再答： 进入NCBI网站，点击右侧BLAST，进入页面后，在框中输入你的序列，然后点击页面最下方BLAST按钮，等待结果就可以了。 生物信息学方法贵在自己多动手尝试，不要怕耗费精力，也不要怕麻烦，自己多去试试。 另外，别再追问我了哈，追问多了就要扣掉我的经验值了！
2.如果你测的是一个以前未知的序列,那么要测几个不同的单克隆,将测得的结果进行比对,分析一致的地方以及不一致的地方.
再问： 您好！我做的是幽门螺杆菌，如我测的是cagA，在NCBI上找的基因序列，请公司设计了引物，跑了PCR，电泳也出现了目的条带，纯化PCR产物送公司测序，得到扩增后的片段，是和NCBI上我找的那个基因序列做对比？还是和标准菌株的做对比？我的实验思路是对的吗？谢谢！
再答： 实验思路正确。两种比对都可以。 先和NCBI上的比对（因为毕竟是权威），如果有出入，那么多扩增几次（至少三次），再去测序，然后比对，如果这三次结果都是同样的出入，那么可能是因为你扩增用的菌和NCBI上用的菌不一样，这时应该和标准菌株比。
再问： 不好意思！再问一下，怎么使用Blast比对？怎么看结果？谢谢！
再答： 进入NCBI网站，点击右侧BLAST，进入页面后，在框中输入你的序列，然后点击页面最下方BLAST按钮，等待结果就可以了。 生物信息学方法贵在自己多动手尝试，不要怕耗费精力，也不要怕麻烦，自己多去试试。 另外，别再追问我了哈，追问多了就要扣掉我的经验值了！