生物信息学菜鸟问:已知一基因,怎样查询它有几个exon;已知一个snp位于外显子上,如何查询它为于几号exon
来源:学生作业帮 编辑:搜搜考试网作业帮 分类:综合作业 时间:2024/07/12 23:43:26
生物信息学菜鸟问:已知一基因,怎样查询它有几个exon;已知一个snp位于外显子上,如何查询它为于几号exon
大概知道在hapmap,ncbi等网站 上查,请尽量详细作答
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进入NCBI网站,点击BLAST,进入后,按照提示输入已知基因的序列,然后进行BLAST(比对的意思).
结果会告诉你有很多基因跟这个基因同源,只是同源度不同而已.
然后你选择同源度为100%的那个基因,点击进去后,会告诉你这个基因的详细信息.
比如,有几个外显子,几个内含子,分别位于基因的什么位置等等.
查询SNP方法同上,在得到BLAST结果后,仔细查看比对的结果,会发现这个SNP所处的位置,然后看这个位置在哪个外显子上就可以了.
生物信息学中每个问题的答案多种多样,你要自己多去尝试,找到适合自己的方法.
再问: 您好,首先感谢您作答,但是我没有问清楚,我所知道是一个基因的名称,而不是序列,应该还用不到blast吧,已经多种途径搜所关于这个基因了,包括HUGO,Hapmap,ncbi-gene,可是找不到相关的外显子内含子信息,我觉得可能是自己没有利用好相关资源,您能否以一个基因,一个数据库为例解释一下,怎样显示基因外显子信息,以及这个基因的所有snp位点,我这周才上手,比较愚钝,麻烦了~~
结果会告诉你有很多基因跟这个基因同源,只是同源度不同而已.
然后你选择同源度为100%的那个基因,点击进去后,会告诉你这个基因的详细信息.
比如,有几个外显子,几个内含子,分别位于基因的什么位置等等.
查询SNP方法同上,在得到BLAST结果后,仔细查看比对的结果,会发现这个SNP所处的位置,然后看这个位置在哪个外显子上就可以了.
生物信息学中每个问题的答案多种多样,你要自己多去尝试,找到适合自己的方法.
再问: 您好,首先感谢您作答,但是我没有问清楚,我所知道是一个基因的名称,而不是序列,应该还用不到blast吧,已经多种途径搜所关于这个基因了,包括HUGO,Hapmap,ncbi-gene,可是找不到相关的外显子内含子信息,我觉得可能是自己没有利用好相关资源,您能否以一个基因,一个数据库为例解释一下,怎样显示基因外显子信息,以及这个基因的所有snp位点,我这周才上手,比较愚钝,麻烦了~~